广西医科大学玉林校区保卫部是校区安全保卫主要职能部门，担负校区安全稳定和治安综合治理工作，在上级机关和校区党政领导下，按照“预防为主、保障安全”的工作方针，开展各项安全保卫工作，为学校的教学、医疗、科研工作保驾护航。校园24小时值班，随时接受和帮助处理校内发生的各项案件。

广西医科大学玉林校区保卫部人员配备有职工7人，安保人员28人。主要负责校区的安全稳定、校园安全文明建设、综合治理、消防安全、交通秩序、户籍管理以及学生军训和征兵等相关工作，协助安全机关查处校园内发生的一般治安和刑事案件。 

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